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Mavericksでの動作まとめ

Mavericksでの化学系アプリ動作確認のまとめ


Mac OS 10.9 (Mavericks) - What Works?
https://wiki.brown.edu/confluence/pages/viewpage.action?pageId=88506535Link

・ClassicMenu
ログイン時に自動で立ち上がらなくなっているがClassicMenu 2.8.1ちゃんと動作した。開発中止になってるのに。
これでまだまだMacOSのクラシック環境っぽく操作できる。LaunchPadよりはるかに快適。

・Cyberduck
Cyberduck 4.4 is fully compatible with OS X 10.9.だと。動作確認。
https://blog.cyberduck.io/2013/10/24/hello-mavericks/Link

・DiDi for EIJIRO
英辞朗は辞書ブラウザに問題あり。第6版までクラッシュする。最新の第7版もインストールに問題が生じているとのこと。PowerPCからの旧いつき合いだが、削除した。

・GraphClick
GraphClick 3.0の動作確認。ここもサポートが無くなっているが使えるだけ使い続けたい。

・GraphicConverter
GraphicConverter v8.8動いてます。

・HandBrake
HandBrake0.9.9動作してる。

・Igor Pro
Igor proはOSX Mavericksで小さな問題が出たが最新版で対策されたとIgor exchangeで公式発表。

・ImagaJ
ImageJ64はOSX Mavericksで動かないと昨年9月に報告されたが、1.47以降で動作することが判明。どうもOSXのセキュリティに引っかかっただけのようだ。
1.47oをダウンロードし展開して起動すると、最初にjava runtimeのアップデートか「壊れている」警告が出る。java runtimeはインストールのこと。「壊れている」警告の対策については、開発ホームページに指示あり。システム環境設定→セキュリティとプライバシー→一般タブの、「ダウンロードしたアプリケーションの実行許可」を「すべてのアプリケーションを許可」にしておく。その後ImageJ64を一度起動させれば「ダウンロードしたアプリケーションの実行許可」の設定は元に戻してよい。
1.47oのHelp→Update ImageJからv1.47pにアプデ可。
開発ホームページの指示。
"The first time you run ImageJ on OS X 10.8 (Mountain Lion), or on later versions of OS X, you may get the message "ImageJ64 is damaged and can't be opened". To work around this problem, go to System Preferences -> Security & Privacy -> General and set "Allow applications downloaded from:" to "Anywhere". You can restore the original setting once ImageJ is running."
http://rsbweb.nih.gov/ij/docs/install/osx.htmlLink

・iWorks
MacBookpro13''mid2010にMavericksインストールしていたら、いつのまにかPages 5.01、Keynote 6.01、Numbers 3.01が無料インストールできるようになっていた。そのまま残っているiWork09(Pages 4.0, Keynote 5.0, Numbers 2.0)も動作。
パワーユーザーに不評のMavericks新iWorksも、iOS経由で流れてきたM$-OFFICEユーザーには好評らしい。つまりはJobsの理想>iWorks09>新iWorks=iOS7版>>>>M$-OFFICEだと?

・KaleidaGraph
KaleidagraphはOSX Mavericksで正常に動作。確認済み。

・LogoVista辞典ブラウザ
リーダーズ英和辞典や広辞苑の辞書に使っているLogoVista辞典ブラウザ 2.7.28de動作を確認。これもPowerPCからのつき合いだが、よくサポートが続いてくれてる。

・MarvinChemシリーズ
Marvin Beans suit(MarvinSketch、MarvinSpace、MarvinView、など)は特に問題ないらしい。
https://www.chemaxon.com/forum/ftopic11832.htmlLink
バージョンはまだ確認していない。

・MathType
MathType日本語版はv6.7をOSX Mavericksのアップデート後に再インストールすべしと公式発表。6.7f日本語版の動作確認。
http://www.senko-corp.co.jp/software/mathtype/Link

・MindNode
MindNode Lite 1.9.3の動作確認。

・OmniOutliner
OmniOutliner 3.10.6 はOSX Mavericksで問題なし"We’re not aware of any issues withOmniOutliner 3.10.6 or 3.10.5.”と公式発表。
http://www.omnigroup.com/blog/author/daveLink
Maverick専用のv4が出た。ようやく画面拡大ができるようになって老眼にはうれしいからアップデートしよう。

・Simple Comic
Simple Comic v1.7問題なし。動作確認

・Skim
Skim v1.4.7問題なく動作している。

・Windows XP
NTFSフォーマットパーティションにSnowLeopardのBootCampを使えば、XPもインストール可能。
http://www.archilys.com/blog/index.php?UID=1387533248Link

— posted by bemybaby at 09:27 am   commentComment [0]  pingTrackBack [0]

ImageJで画像から粒子径を求める

 春の日化で発表するために、ImageJ64をあらためて勉強した。その備忘録をそのままBBSLink に書き散らかしておいたが、とある先生様から学生のデータを30分で解析せぇとのお達しがあり、あわててまとめ直す。

【内容】
 ImageJは強力な画像解析機能があるが、機能が豊富すぎてどのメニューを選べは良いのか迷ってしまう。そこで画像から粒子径情報を得るまでの手順を、一本道をたどるがごとく作業できるよう簡潔な箇条書きに示す。

【手順】
 Mac版ImageJ64 v1.42qに即したが、他の窓機バージョン等でも概ね同様。

01)画像読み込み

02)グレースケール化・画像の回転
 Image → Type → 8-bit
 斜めになっている画像は、
  Image → Rotate → Arbitrarily
 で適当な角度で回転させる。

03)長さの読み・指定(略すとピクセル単位)
 ツールバーの線選択ツールで既知の距離に直線を引く。斜めでもOK。
  直線になっていないときは、線選択ツールで右クリックし選択する。
  Shiftを押しながらだと、水平 or 垂直に引かれる。
 座標や長さの数値はツールボックス下のペインに表示されるので、画に線を引くとその長さの数値が読み取れる。
 単位の指定にはスケール付きの画像が必要。

04)目盛りの設定(略すとピクセル単位)
 直線を描いたあとに、Analyze → Set Scale
  先ほどの直線の距離がpixelで算出されている。
 対応する距離をKnown Distanceに入れる。
  単位をUnit of Lengthに書き込める。
  縦横の縮尺が等しくないときには、その比をPixel Aspect Ratioに入れる。
 これでpixelと実長が自動的に換算される。
 複数の画像に適用するにはglobalにチェックを入れる。
  すると換算値が次にSet Scaleするまで適用される。

05)演算する領域を指定(略すと全領域)
 粒子判定にはスケール、X軸、Y軸が邪魔になるので消去する。
 ツールバーから、領域選択ルーツ(四角・楕円・etc)で処理したい領域を指定。
 Deleteキーまたは Edit → Cut  指定した領域が空白になる。
 Image → Crop 指定した領域以外が削除される。  

06)境界判定のしきい値を設定(二値化)
 略せない重要な処理。
 Analyze → Analyze ParticlesでThresholdを決めろとのアラートウインドウが開く。
 Image → Adjust → Threshold
  レベル設定のようなwindowが開く。
  画像を見ながらスライドバーを動かし、適度な境界に設定する。
 パラメータ設定
  Default、Redにした。Dark backgroundはオフ。
  Defaultにカーソルを合わせ下のほうを見るとOtsuがある。良好な結果が得やすいという「大津の二値化」だろう。
 Applyでしきい値以上の領域が黒になる。

07)しきい値設定がうまく行かないとき
 きっちり決めないと、境界に濃淡のある画像では結果に大きく差が出る。
 ・粒子の画影が中空になってしまうとき
次の粒子解析の、Analyze → Analyze Particlesのウインドウでinclude Holesにチェックを入れておく。
 ・粒子が重なっているとき
  Process → Binary → Watershed
   (Watershedとは分水嶺のこと)
  凸な粒子の接合部の分割に有効。
  ググるとあちこちに解説あり。Chicago大の粒子解析チュートリアルも見ること。
   http://www.uhnres.utoronto.ca/facilities/wcif/imagej/particle_analysis.htmLink
  8 bitじゃないと言われたときは先に Image → Adjust → Thresholdをやって二値化すること
 ・バックグラウンドノイズの削除
  Process → Subtract background
   連続的な背景色を除去
   Rolling Ball Processの数値の決め方は、Chicago大の粒子解析チュートリアルを見ること。
  また、Analyze → Analyze Particlesにおいてサイズの最小値を指定するとそれ未満をカット
 ・粒子が画像の縁にかかっているとき
  次の粒子解析の、Analyze → Analyze ParticlesにおいてExclude on Edgesにチェック

08)粒子の分析Analyze Particles
 しきい値が決まっていればうまく二値化された白黒画像になっているはず。
 Analyze → Analyze Particlesを選択、ウィンドウが開く。
 サイズの範囲を最大最小で指定。デフォルトは[0-infinity]。
  その単位は Set Scale で指定した。
 Showメニュー
  Outlines 測定した粒子の輪郭と数字を表示
  Masks 測定した粒子の輪郭内を塗りつぶした画像を表示
  Ellipses 測定した粒子に最も近い楕円を描いた画像を表示
 Display results チェックされていると別ウインドウに結果を表示。
  この結果のリスト・形式はAnalyze → Set Measurementで指定。
  Area、MIn&Max Gray Value、Feret's Diameterくらいで良いんじゃないか。
  解析後に再表示も可
 Exclude on Edges 縁に掛かった粒子を除外
 Include Holes 面積計算で粒子画影の中空部も含めて計算
 Fit Ellipse 楕円に近似 アスペクト比を求めるにはにチェック
 OKを押せば計算。
 複数個はナンバリングされて表示。
 結果をタブ区切りテキストで出力するには、File → Save As。
  ウインドウが、メインでも結果でもOK。

09)Analyze Particlesでcut off値の決め方
Chicago大の粒子解析チュートリアルを見ること
 画像を見ながらAnalyze → Analyze Particlesのトライ&エラー
  ShowはOutlinesにしておく
 ツールバーで直線を選択し、対象としたい粒子の長軸・短軸をいくつか計測、面積を見積もる。
 cut off値を決めて再度Analyze Particles処理

10)処理画像の評価
 Outline画像と二値化画像を重ね合わせる。
  Outline画像でImage → Lookup Tables → Invert LUT
  Image → Lookup Tables/Red
  Image → Lookup Tables → Invert LUT
  赤のOutline画像が描ける。
  Outline画像と二値化画像のそれぞれでImage → Type → RGB Color
  Process → Image Calculatorで重ね合わせ処理
   二値化の実画像はimage1に、outline画像はimage2
   画像のポジネガが一致していればAdd、異なればSubtract
   Create New Windowにしておく

【参考】
・本家(英文)ダウンロードは↓ここから。
http://rsbweb.nih.gov/ij/Link
・マニュアルの懇切丁寧な和訳。リファレンスに読むべし←おすすめ
 http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/ImageJ.htmlLink
・ImageJの日本語版wiki
 http://wiki.livedoor.jp/imagej/Link
・Chicago大学のthe ImageJ Information and Documentation Portal←おすすめ
 http://imagejdocu.tudor.lu/Link
・Chicago大の解説
 http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=video:startLink
・Chicago大の初心者向けチュートリアル
 http://imagejdocu.tudor.lu/lib/exe/fetch.php?media=video:beginner_help:beginner_tutorial_1029b.swfLink
・Chicago大の粒子解析チュートリアル
(バックグラウンドノイズの削除・二値化・重なり粒子の分離・Analyze Particlesでcut off値の決め方・処理画像の評価・Analyze Particlesで領域選択テンプレートの使い方・マルチカラーでの解析)
 http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=video:analysis:particle_counting_-_automated_and_manualLink
・面積測定の事例 Particle Counting and Analysis。
 http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/pdfs/examples.pdfLink



  

— posted by bemybaby at 07:13 pm  

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